有机棉GOTS认证审核包括文件审核还有生产现场的审核，以确定指定的文件和实际现场是否相符，有没有正确实施。
现场检查是评估有机管理体系有效性的重要途径。通过对加工管理人员，车间员工，操作者的访谈来验证申请者提供的文件记录等是不是有机操作中真正的得到实施。
对于GOTS认证项目，还要对最低社会标准进行审核，如种族歧视，自由结社，体罚，强迫劳动，童工，工资工时等进行审查。
检查范围：对于申请的产品设计到得所以加工工序及设施进行审核，需要在非加工现场分装贴标签等也要对这些场所进行检查，以保证认证产品的完整性。
文件：确认其对有机生产的风险及申请者采取措施的有限性，是否存在平行生产，有机与非有机生产隔离措施的有效性。
人员：对于 有机棉GOTS认证/GRS认证标准还需要访问财务，卫生，消防，工会人员以及其他相关人员如污染物处理人员等的访谈，判断申请者对有机标准的理解，有机管理体系的掌握与实施，有机生产的加工与标准的符合性等，对工人的访问是单独的访问，避开所属领导，便于工人能够提供真实详细的信息，访问人员不低于3人。
产品的取样：
在现场检查过程中，检查员必须考虑产品的取样问题，根据标准的要求，如有对有机操作有任何怀疑，可以取样，并填写取样文件。
投入物的审核：
但对于GOTS标准，还需要关注在生产过程中助剂和添加剂的使用，尤其是涉及到印染工艺的，需要重点关注使用的印染料和其它化工产品是否符合要求。
污染物排放和能源管理：
对于GOTS/GRS标准还需关注其污染物的排放是否符合要求，例如重金属，温度，PH，COD等；对于能源方面，需要关注是否建立了节能减排的政策和持续改进计划并实施。
检查中其它需要注意的内容：
对认证产品的产量与销售量的汇总核算。
对产品和认证认证标志追溯体系，包装标志的情况和验证。
对上一年度的不符合项采取的纠正或纠正措施进行验证。
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